La aparición de variantes más infecciosas del virus Covid-19 amenaza con retrasar la recuperación global y potencialmente frustrar la inmunidad de la vacuna actual. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar sobre estas variantes más rápidamente, la Universidad de Oxford y Oracle han creado un Sistema de Análisis Global de Patógenos (GPAS) que combina la Oxford’s Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) con el poder de Oracle Cloud Infrastructure (OCI).

Esta iniciativa se basa en el trabajo de un consorcio financiado por Wellcome Trust que incluye a Public Health Wales, la Universidad de Cardiff y Public Health England.

"Esta nueva poderosa herramienta permitirá a los científicos de salud pública de los centros de investigación, agencias de salud pública, servicios de atención médica y compañías de diagnóstico de todo el mundo para ayudar a comprender mejor las enfermedades infecciosas, comenzando con el coronavirus", explica Derrick Crook, professor of Microbiology in the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford.

“El Sistema Global de Análisis de Patógenos ayudará a establecer un estándar global común para reunir y analizar este nuevo virus, así como otras amenazas microbianas para la salud pública. Esto añade una nueva dimensión a nuestra capacidad para procesar datos de patógenos. Estamos entusiasmados de asociarnos con Oracle para promover nuestra investigación utilizando esta plataforma de tecnología de vanguardia".

Utilizado por primera vez para la tuberculosis, SP3 se ha reutilizado para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas que preocupan.

“La oportunidad de aplicar un examen sistemático de variantes genéticas en una variedad de patógenos tendrá importantes beneficios para la salud pública mundial. Este programa, con Oracle como socio, nos acerca un paso más a este objetivo”, apunta Sir John Bell, regius professor of Medicine at the University of Oxford.

Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total. “Existe una necesidad crítica de cooperación global en la secuenciación genómica y el examen del Covid-19 y otros patógenos”, dijo Larry Ellison, Oracle Chairman and CTO. "El mejorado sistema SP3 establecerá un estándar mundial para la recopilación y el análisis de datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos comprender mejor el virus Covid-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública".

El siguiente paso será extender este servicio a todos los patógenos y, al mismo tiempo, colaborar con científicos de centros de investigación, agencias de salud pública y compañías privadas para garantizar que la toma de decisiones sobre las estrategias de respuesta a una pandemia mundial esté informada. La plataforma será gratuita para que los investigadores y las organizaciones sin ánimo de lucro la utilicen en todo el mundo.